Za Slovenijo je v razpravah o spodbujanju rabe biogoriv pomembno, da rešitve ne povzročijo manjše samooskrbe s hrano in izgube najkvalitetnejših zemljišč za pridelavo hrane ter izgube biotske raznovrstnosti doma in po svetu; da ustvarijo enake konkurenčne pogoje za proizvajalce biogoriv ter da ustrezno prispevajo k doseganju ciljev za zmanjšanje emisij toplogrednih plinov.

Slovenija podpira omejitev prispevka biogoriv in tekočih biogoriv iz žitaric, poljščin z visoko vsebnostjo škroba ter rastlin za pridelavo sladkorja in oljnic (t.j. uporaba za prehrano) pri izračunu deleža končne porabe energije v prometu.

Slovenija je zadržana do predloga večkratnega upoštevanja energijske vrednosti surovin za biogoriva druge generacije pri upoštevanju končne porabe energije samo v prometu. Tak pristop bi lahko postavil v neenakopraven položaj drugi segment uporabe biogoriv in sicer kot obvezni nacionalni splošni cilj uporabe obnovljivih virov energije v končni bruto uporabi energije.

Slovenija podpira spremembo najnižjega praga prihranka emisij toplogrednih plinov za biogoriva in sicer: 60 % za nove obrate, ki so začeli obratovati po 1. juliju 2014 ter 35 % do konca leta 2017 in 50 % od leta 2018 dalje za obrate, ki že delujejo oziroma bodo pričeli z delovanjem do 1. julija 2014.

V nadaljnjem postopku usklajevanja sprememb obeh direktiv smo do datumov in najnižjega praga prihranka emisij toplogrednih plinov za nove obrate lahko tudi fleksibilni.

Zaradi nejasnosti rešitev je Slovenija zadržana do predloga glede dodatnega poročanja, s katerim bi bili dobavitelji goriv zavezani poročati o postopkih proizvodnje biogoriv ter o ocenjenih emisijah zaradi posrednih sprememb v rabi zemljišč. V kolikor bi se na ravni EU vzpostavil enoten sistem sledljivosti biogoriv (vključno z biogorivi, ki izvirajo izven EU), bi bilo ustrezno prilagojeno poročanje za Slovenijo sprejemljivo.

Republika Slovenija podpira predlog določb glede standardov kakovosti motornih bencinov in dizelskih goriv, da se v bodoče pri številki standarda ne navaja tudi leto izdaje.

Glede delegiranih aktov Slovenija načeloma meni, da je preveč vsebin prepuščeno v odločanje Evropski komisiji, zato si bo prizadevala najti način za bolj uravnotežen pristop.  Republika Slovenija je lahko fleksibilna do datuma uveljavitve direktive.