V Programu dela in finančnem načrtu ARAO obravnava naloge in projekte, za katere načrtuje, da jih bo izpeljal v tekočem letu, dinamiko dela in finančna sredstva, ki so potrebna za izvedbo. Za vsak projekt v programu so kratko pojasnjeni njegova vsebina, osnovni namen, vhodni pogoji oziroma začetne zahteve, pričakovani rezultati, način izvedbe, trajanje, ocena sredstev potrebnih za izvedbo ter viri financiranja. Upravni odbor ARAO, v skladu z internimi akti, sprejema in potrjuje program dela, Vlada RS pa kot ustanoviteljica ARAO daje svoje soglasje k predlaganemu programu.

ARAO namerava v letu 2010 povečati število zaposlenih z utemeljitvijo, da razmere na ARAO zahtevajo dodatne zaposlitve, s čimer se ustanovitelj ne strinja.

ARAO je po 1. 1. 2010 pričel poslovati kot javni gospodarski zavod. Stališče ARAO je, da financiranje plač in materialnih stroškov iz proračuna ni dorečeno. V Programu dela in finančnem načrtu ARAO za leto 2010 je zato financiranje ARAO obravnavano, kot da ARAO ni zavezanec za DDV, hkrati pa dopušča možnost, da je zavezanec za DDV, in je v ta namen navedena ocena, da bi morala biti zato povečana proračunska sredstva za 300.000,00 EUR, kar ni ustrezno.